En el curso académico 1999-2000, siguiendo los desarrollos de la LOGSE, al Instituto Vega del Jarama se incorpora el Primer Ciclo (1º y 2º de la ESO) y los correspondientes profesores para impartir este tipo de enseñanzas. Esta incorporación se lleva a cabo en un antiguo colegio del Municipio, a tres kilómetros de distancia del Instituto. Desde un principio se intentó solventar esta división que creaba problemas en la confección de horarios, en la labor docente de los profesores, en Secretaría, en el propio trabajo de los Auxiliares de Control y en las labores de coordinación.

En 2002 elevamos una carta del Claustro de Profesores y del Consejo Escolar a las autoridades de la Consejería de Educación y al Ayuntamiento de San Fernando de Henares solicitando que se coordinase la labor de ambas Administraciones para alcanzar el acuerdo de unificar los dos edificios en el mismo lugar, es decir, en la Avda. de Irún.